Dieta ketogenna MCT oparta na trójglicerydach kwasów tłuszczowych o średniej długości łańcucha (z ang. medium chain triglyceride - MCT) zakłada suplementację MCT w celu częściowego zastąpienia trójglicerydów długołańcuchowych kwasów tłuszczowych naturalnie występujących w żywności. Organizmowi łatwiej jest wytwarzać ciała ketonowe ze średniołańcuchowych, niż długołańcuchowych trójglicerydów kwasów tłuszczowych, dlatego w tej wersji diety możliwe jest nieznaczne ograniczenie spożycia tłuszczów na korzyść węglowodanów i białka. Około 30-70% dziennego zapotrzebowania energetycznego pokrywają trójglicerydy MCT, przy czym dokładną ich zawartość w diecie ustala dietetyk lub zespół specjalistów ds. diety ketogennej.