Modyfikowana dieta ketogenna stanowi połączenie różnych jej wariantów. Jest to również dieta wysokotłuszczowa i niskowęglowodanowa, o umiarkowanej zawartości białka. W porównaniu z klasyczną dietą ketogenną dopuszcza ona spożycie nieco większej ilości węglowodanów. Może także zakładać suplementację MCT w celu usprawnienia wytwarzania ciał ketonowych. Zawartość tłuszczu i węglowodanów w modyfikowanej diecie ketogennej określa dietetyk lub zespół specjalistów ds. diety ketogennej.